L’esistenza di un luogo dedicato al culto nell’edificio di Andrea Palladio è abbastanza confusa e controversa. La studiosa Donata Battilotti ha tentato di far luce su questo dilemma:
una testimonianza indiziaria ambigua è fornita dalle visite pastorali effettuate
dal vescovo di Treviso a Fanzolo nel 1564 e nel 1567. In occasione di quest'ultima, il 2 Maggio viene, infatti, consacrato l'oratorio della villa, il che fa pensare che al tempo della visita precedente l'edificio sacro non fosse ancora costruito o finito.
L’edificio citato non corrisponde però all’oratorio attuale, ricavato nel Settecento nella barchessa ovest a seguito della trasformazione da villa-fattoria a villa-residenza nobiliare. L’oratorio consacrato a San Giovanni Battista è individuabile dal prospetto sud di Villa Emo, dalla campana posta sul tetto della barchessa ovest. Entrando sotto i portici della barchessa si nota il portale architravato con un sobrio timpano in pietra. Peraltro questa è l’unica porta delle barchesse, e per estensione dell’intera villa, decorata con una struttura architettonica che non sia intonaco o pittura, quasi a significare l’importanza del luogo di culto rispetto alle altre aree della villa. Il timpano è sormontato da una nicchia in cui presumibilmente un tempo era collocata una statua votiva.
Dalla porta si accede direttamente all’oratorio di pianta rettangolare, illuminato solo nell’abside da due finestre laterali, di cui una occlusa, e da una finestra a mezzaluna che segue l’andamento della volta dell’abside a crociera. Il pavimento è in seminato veneziano con al centro una lapide priva di iscrizioni, di cui si ignora ad oggi il contenuto. Alle pareti troviamo le medesime quadrature colorate delle sale della barchessa est: quelle dell'oratorio portano il colore verde salvia come nell’ultima sala della barchessa est. Sulle pareti dell'oratorio sono presenti quattro quadrature (due a sinistra e due a destra), ognuna contenente un'incisione: da sinistra troviamo San Giuseppe e a seguire Gesù Cristo con crocifisso; a destra invece troviamo San Luca, mentre a seguire l'incisione del mausoleo eretto per la morte di Angelo Emo.
Più elaborata risulta invece la decorazione del soffitto, dove è presente un bordo in stucco lungo tutto il perimetro della stanza, intervallato in alcuni punti da stucchi di ispirazione naturalistica con racemi e cesti. Il soffitto dell’aula presenta un grande ovale in stucco bordato di color verde salvia, con all’interno racemi angolari e un rosone centrale. Più elaborato il soffitto dell’abside con una volta a crociera intervallata da fasce colorate in verde salvia e stucchi con festoni che incorniciano il tondo centrale su cui si staglia, su un tenue cielo azzurro, la colomba simbolo dello Spirito Santo anch’essa in stucco come le nuvole bianche e i raggi dorati. Queste importanti decorazioni in stucco sono le uniche presenti in villa, oltre al fregio del Vittoria sulla facciata e le varie statue sparse tra giardino e barchesse.
L’abside presenta un altare in legno decorato in finto marmo, poggiante su una pedana anch’essa in legno, decorata con motivi pavimentali a rombo. Sull’altare ora sono presenti due candelieri, un crocifisso e un piccolo tabernacolo in legno, che conserva all’interno una piccola scultura di santo con bastone e un bambino in braccio, presumibilmente San Giuseppe. Sopra l’altare una grande cornice bordata in marmo e in pietra, in cui presumibilmente un tempo era collocata una pala d’altare o un’immagine votiva, ora conserva una cornice dorata con un’incisione che raffigura una crocifissione. Ai lati dell’altare due mensole in legno sorreggono due candelieri in legno, sopra i quali a parete ricorrono le quadrature in color salvia ora recanti un’incisione con San Francesco Serafico e un ex voto contenente un estratto della II lettera ai Tessalonicesi (II, 9). Dei presunti arredi originali restano un inginocchiatoio e un altro inginocchiatoio da confessione, sormontato da una grata in metallo decorata con una croce. Sono presenti sulla pedana dell’altare e sull’altare stesso dei frammenti tessili imbottiti a mo’ di inginocchiatoio.
Allo stato attuale delle ricerche, non siamo in grado di individuarne la collocazione originaria dell’oratorio citato nei documenti presi in esame da Donata Battilotti, in particolare se questo fosse nelle vicinanze della villa o meno. L’oratorio di Villa Emo non è visitabile.