Nel 1518 sulla scia degli ingenti investimenti fondiari del padre Giovanni Emo, i figli acquistano via via sempre più terreni: Leonardo risulta avere quasi il doppio dei campi del fratello, 269 contro 142, divisi in cinque aziende con due nuclei rurali composti uno da una casa in muratura e tezza di muro con tetto di paglia, l’altro da una casa in muratura con tetto in coppi, due tezze di muro coperte di paglia, cortivo, orto e un pezzo di prato, a capo di un’azienda di 54 campi condotti a boaria. Risale a quegli anni l’introduzione della coltura del granoturco, nei territori di Fanzolo e Vedelago. Tale ipotesi è stata formulata dallo studioso Bordignon Favaro che per avvalorare la sua tesi riporta la testimonianza di Giovan Battista Ramusio (diplomatico, geografo e umanista della Repubblica di Venezia) secondo il quale il mais era già coltivato nelle terre del Polesine, di Rovigo e nel Basso Veronese a Villabona. Poiché al tempo, le terre del Polesine erano possedute per buona parte dagli Emo, secondo Bordignon Favero, la citazione del Ramusio può valere anche per il conte Leonardo a Fanzolo, almeno quale tentativo ed esperimento di introduzione del cereale nel Trevigiano. Questa importante coltivazione rappresenterà per gli Emo una importante fonte di reddito che rappresenterà la base della loro ricchezza nei secoli a venire.
Tra i due figli di Giovanni ed Elisabetta Molin, quello che si distinguerà di più per carriera politica e perché a lungo fu considerato il committente di Villa Emo, è Leonardo, denominato dagli storici come senior. Egli, nato presumibilmente a Venezia tra il 1471 e il 1473, si dedicò pienamente al servizio dello Stato, percorrendo una brillante carriera fino ai più alti livelli, sia delle magistrature civili che militari. Deciso nell’agire, abile e convincente nelle proposizioni politiche, divenne, anche grazie alle sue grandi doti di eloquenza, uno dei politici più ascoltati e influenti della sua generazione. Nel 1536, è sua l'iniziativa di potenziare la seriola Barbariga «per abbeverar li suoi animali et adacquar le sue possessioni». Fanzolo si trova infatti ben al di sopra della linea delle risorgive e le sue campagne sono «de sorte che non hanno acqua, né le terre fruttano, né li bestiami si poleno conservar». L'intervento di Leonardo senior ebbe un ruolo fondamentale nella formazione dell’azienda agricola di Fanzolo: l'acqua della seriola Barbariga era la premessa indispensabile per l’incremento della produzione agricola, a cui seguirono l’introduzione di nuove colture, migliorie nella vita dei contadini e l’incremento dei già numerosi possedimenti della famiglia Emo. Leonardo senior morì nel gennaio del 1540 lasciando una cospicua eredità di ben 376 campi che furono divisi equamente tra il figlio Giovanni e i suoi nipoti, orfani del fratello Alvise, Leonardo, e le quattro sorelle di quest’ultimo, specificando però «che dette sorelle non habbian del stabile, ma quello sia di Lunardo solo», salvaguardando in tal modo l’integrità del patrimonio immobiliare.
Ed è questo Leonardo, figlio di Alvise, che per distinguerlo dal nonno Leonardo senior viene definito junior, il committente della villa di Fanzolo. Leonardo junior nasce a Venezia il 22 aprile 1532 da Alvise Emo e Andriana Badoer, sorella di Francesco Badoer che commissionò a Palladio la villa a Fratta Polesine; il padre Alvise muore prematuramente nel 1535, lasciandolo orfano a soli tre anni di età con quattro sorelle e la madre Andriana, che verrà nominata sua tutrice. Purtroppo dell'infanzia di Leonardo non sappiamo molto: trascorse la fanciullezza vivendo nella casa del nonno paterno, ipotizziamo circondato dall'affetto dei parenti. Pochi anni dopo, nel 1540, muore anche il nonno, il quale lascia metà dei possedimenti al nipote. All'epoca Leonardo aveva solamente otto anni perciò la divisione dei beni venne realizzata concretamente nel 1555; allo zio Giovanni spettarono i territori nel veronese a Vestenanova, a Leonardo quelli nel trevigiano a Fanzolo. Per quanto concerne il profilo politico e sociale, notiamo subito che la sua carriera non brilla come quella del nonno. Leonardo junior inizia il suo percorso politico piuttosto tardi, all'età di 36 anni con la nomina a Podestà di Chioggia. Da questo momento in poi però gli incarichi si susseguirono senza sosta fino alla morte. Tra gli altri ricordiamo: Ufficiale alle Rason Vecchie, Provveditore alla Giustizia Nova, Savio alla Mercanzia. Leonardo Emo è quindi un uomo che partecipa alla vita politica e sociale della Serenissima dimostrando assoluta lealtà alla Patria. Particolarmente attento nell'amministrazione dei suoi beni, molto cauto nelle gestione contabile del suo patrimonio, viene così descritto nel 1654 dal nipote Zuanne Emo, in un libro di memorie, conservato presso l'archivio Emo Capodilista: «Lunaro Emo quondam Alvise mio Avo, signore di grande prudenza e governo, mancato in vita non solo senza debiti, ma anzi con lasciar summe considerevoli di danari effettivi».
Ma l’opera che consegna alla storia Leonardo junior è la committenza di Villa Emo, che diverrà il fulcro dell’azienda agricola sviluppata dai suoi avi nel corso dei secoli. L’edificazione della dimora ad opera di Andrea Palladio, secondo gli ultimi studi, è databile tra il 1556 e il 1559; in quegli anni tutto il territorio circostante è in fermento per le numerose costruzioni ad opera del celebre architetto e di altri architetti coevi. Di Palladio: a nord, presso Maser, Villa Barbaro (1554-1560) e a sud, presso Piombino Dese, Villa Cornaro (1552); di Michele Sanmicheli, a Sant'Andrea oltre il Muson, la Villa Soranzo (1551). In qualche misura tutte queste opere hanno influenzato committente e architetto, in relazione alla filosofia del progetto e al suo linguaggio. Negli esiti progettuali della villa si sente ovunque la personalità del committente, che chiede all'architetto risposte precise alle esigenze di una fabbrica di campagna, che sia al contempo esemplare azienda agricola e granaio per la propria casa. Andrea Palladio progettò per Villa Emo un’architettura sobria idonea alle esigenze dell’azienda agricola ma, al tempo stesso, elegante e adatta ai momenti di rappresentanza ugualmente importanti per il proprietario. Il complesso della casa padronale e delle barchesse si integra perfettamente con la campagna circostante ed è pensato quale centro coordinatore delle attività agricole. In Villa Emo, Andrea Palladio raggiunse la perfezione nelle proporzioni tra gli elementi e l’architettura e rafforzò il ruolo delle barchesse come elementi architettonici degni di essere parte integrante della villa. Il ciclo di affreschi è stato datato dagli studiosi attorno al 1565. Gli studiosi infatti ritengono che il ciclo pittorico sia databile a ridosso di questa data, essendo l’anno del matrimonio fra Leonardo Emo e Cornelia Grimani, che furono così i primi abitanti della dimora di Fanzolo.
L’unione fu allietata da una numerosa prole di undici tra figlie e figli, il cui ultimo, un altro Leonardo, non vide mai il padre morto, due mesi prima nel 1586, lasciando l’amministrazione dell’importante dimora e azienda agricola alla moglie Cornelia, la quale gli sopravvisse di altri venticinque anni, amministrando in modo esemplare le terre e governando la numerosa famiglia, come ci testimonia il nipote Zuanne Emo nel Seicento: «essa signora Cornelia gentildonna dotata di singolare virtù e prudenza, onde se bene rimasta vedova in età giovane con otto figlie femmine et un maschio et gravida d'un altro, che fu sig. Leonardo mio padre, intraprese senza sgomentarsi il governo della casa e vivendo senza rimaritarsi seppe per tutto il corso della sua vedovanza, che fu di 25 e più anni, sostenerlo in maniera che senza aggravarsi di debiti, con le sole entrate non solo sostentò la casa, allevò questa numerosa figliolanza senza risparmio di maestri, et con procurarle ogni sorte di virtù, ma collocò ancora tre delle sue figliole in matrimonio con nobilissimi e ricchissimi soggetti della nostra Patria et con floridissime dote rispetto all'uso di quei tempi, altre quattro ne monacò in monasterij principalissimi della città, una non avendo voluto maritarsi, né monacare, vissuta in casa con lode crebbe di prudenza e virtù fino al tempo della sua morte. E se il signor Giovanni suo figlio non avesse con il suo mal governo sconcertate ultimamente le cose della casa, havrebbe al tempo della sua morte lasciate considerevoli summe di denaro che da esso furono impiegate e disperse».