L'analisi di alcune fotografie dei primi anni del Novecento ci permettono ci capire come evolse il giardino progettato dall'architetto Negrin. La foto del 1900 di A. Charvet, pubblicata nella rivista Emporium, a corredo dell’articolo dal titolo La villa di un patrizio veneto di Molmenti, presenta la villa vista dalla barchessa ovest. Si nota che la cedrara d'occidente non esiste più, un grande prato, o forse l'aiuola a forma ellittica progettata dal Negrin per il giardino simmetrico, si estende davanti alla barchessa, con al centro un pino e altri arbusti. In due foto del 1909, pubblicate nella rivista Ars et Labor: musica e musicisti, a corredo dell'articolo La villa Emo in Fanzolo di O. F. Tencajoli, si vede in una, la villa vista frontalmente, mentre nell’altra si vedono l'aia, i cancelli e il lungo viale alberato d'accesso alla villa. A delimitare l'aia si vedono molti vasi di piante presumibilmente di agrumi, come in uso tuttora.
L’ultima testimonianza fotografica risale al 1911, pubblicata nella rivista francese Revue de l'Art ancienne et moderne, a corredo dell'articolo La Villa Emo, firmato da Robert Henard, ricercatore francese di storia dell'arte. La foto mostra la villa dal parterre orientale verso la barchessa est. Il giardino simmetrico fronte villa sembra ormai ridotto a un semplice prato, mentre la cedrara orientale è ancora presente. Inoltre, come nella foto del 1900, è visibile ancora l'originaria apertura ad arco, ora ridotta e chiusa da una porta, presente sul fianco della barchessa verso il parco. Dalle poche parole di Henard, capiamo che l'aia lastricata davanti allo scalone era decorata, da un lato e l'altro, da piante di aranci nani piantati in vasi di terracotta. Inoltre possiamo ipotizzare che il giardino paesista doveva ancora conservare il suo impianto, perché lo studioso parla della presenza di acqua corrente, che correva tra la lussureggiante vegetazione.
L'ultima trasformazione significativa del giardino prospiciente alla villa è avvenuta negli anni venti del secolo. Questa tesi è supportata dalle considerazioni in merito all'eredità Venier subentrata a Carlo Emo-Capodilista nel 1921. Tra i beni ereditati da quest'ultimo c'è infatti la Villa Contarini-Venier di Vò Euganeo e le statue che adornavano il giardino di questa giunsero a Fanzolo tra il 1921 e il 1925 per adornare il giardino. Le sculture, risalenti alla fine del XVI secolo e di mano ignota, sembrano – casualmente – rispecchiare fedelmente l'apparato narrativo ideato dallo Zelotti nelle sale affrescate.
A partire dal fianco nord-ovest della villa si incontra la statua di una figura femminile che idealmente e spazialmente corrisponde al riquadro ad affresco de L'uccisione di Virginia nel salone centrale. Potrebbe quindi trattarsi della mitica eroina romana, considerando che in posizione simmetrica, dall'altro lato della villa a nord-est, troviamo una figura virile identificabile come Scipione, che fronteggia Virginia anche nell’affresco del salone. Il percorso sembra procedere adottando un contrapposto tra coppie mitologiche analogo alla decorazione pittorica interna. Procedendo da levante verso sud s’incontrano Flora affiancata da Bacco, in riferimento alle stagioni della sala di Giove ed Io e delle Arti; si ha quindi Venere a cui corrisponde Adone. Lungo gli assi principali del viale d'accesso si fronteggiano Giove e Giunone, protagonisti degli affreschi della loggia e della sala di Giove ed Io. Ultime sculture sono quelle di Ercole e Dejanira, che ritroviamo come protagonisti nella sala di Ercole. Le dieci statue poggiano su plinti privi di decorazioni e si alternano ad altrettanti dieci plinti decorati con grotteschi mascheroni, che sorreggono grossi vasi d’ispirazione classica, posti agli angoli dei parterre. Di questo folto lascito di sculture fanno parte anche le statue attualmente site sotto la barchessa ovest: il San Michele del XVIII secolo, un tempo conservato nel vicino oratorio e lo stemma araldico della famiglia Emo, di cui esiste uno analogo ma di maggiori dimensioni, in barchessa est.
È facile immaginare che la nuova e probabilmente inedita presenza di elementi scultorei nel giardino, contemplasse una nuova definizione di questo spazio, facendo così da guida perimetrale ai percorsi carrozzabili e alle aree verdi in modo, forse, molto simile alla geometria attuale. Sempre in questi anni sono state progettate le nuove aiole, di forma rettangolare, situate davanti alle barchesse, e definiti i nuovi percorsi carrozzabili davanti e ai lati della villa.
Attualmente lo spazio antistante e retrostante la villa, nella parte strettamente corrispondente alla dimensione delle ali porticate, oggi è organizzato a giardino basso, con prati divisi geometricamente da percorsi di ghiaia. Presenta a sud due ampi parterre coltivati a prato, contrassegnati ai bordi da vasi in terracotta contenenti piante di agrumi, la cui siepe di bosso con statue fa da ulteriore cornice. Aldilà della siepe si sviluppa una parte del giardino con alberi di alto fusto e arbusti di varie specie. A sud la proprietà è delimitata da un canale realizzato in mattoni a contenimento delle sponde, ma privo di muro di cinta, in modo da non alterare la vista e il rapporto con la campagna.
Sul retro il giardino riporta la continuità stilistica con la parte antistante, vi troviamo due ampi parterre che delimitano l'intero spazio. Questa ampia area verde fu per un lungo periodo l’unico ricordo dell’antica vocazione della villa-fattoria, era infatti coltivata a rotazione con erba medica, frumento, orzo, mais, soia e una volta anche a girasoli. Questo aspetto agreste lo si nota anche in alcune scene del film di Joseph Losey Don Giovanni, girato nel 1979 in parte anche a Villa Emo. La protagonista Donna Elvira, interpretata da Kiri Te Kanawa, volge lo sguardo dal salone centrale verso il parco nord, mostrandoci un ampio prato verde privo degli attuali viali, che furono tracciati una ventina di anni fa dall’ultimo conte Marco Emo Capodilista. Altra testimonianza privata della famiglia Emo-Capodilista, perché non dobbiamo scordare che fino al 2004 la villa era la residenza del nobile casato, sono alcuni abeti piantati dai conti nel parco e visibili durante la passeggiata. Queste incongrue essenze arboree, sono nient’altro che il ricordo dei natali in Villa Emo della famiglia.